La demora en la actualización de resultados generó cuestionamientos de distintos sectores políticos, observadores internacionales y organizaciones civiles, que reclamaron mayor transparencia y celeridad. En ese clima, el oficialismo anunció que no reconocerá el resultado de las elecciones. Moncada aseguró que el proceso estuvo marcado por presiones externas y sostuvo que "el presidente de Estados Unidos, Donald Trump y la oligarquía aliada […] han embestido al pueblo hondureño con un golpe electoral en curso después del envío de un millón de mensajes por diferentes plataformas amenazando al pueblo que si vota por Rixi no recibirá las remesas el mes de diciembre". También convocó a movilizaciones para denunciar la situación.

Pese a que tanto Asfura como Nasralla sostienen que sus actas internas indican que llevan ventaja, ninguno se proclamó ganador. El CNE dispone de un plazo de 30 días para publicar el resultado definitivo en una elección considerada una de las más complejas desde el retorno a la democracia en 1980. El 30 de noviembre, además del presidente, se eligieron autoridades locales, diputados nacionales y representantes para el Parlamento Centroamericano. Quien resulte electo asumirá el 27 de enero de 2026, en reemplazo de la actual mandataria Xiomara Castro.